Contenido
- Rediseño del proceso de inicio de sesión de muestra: implementación de herramientas de detección para ayudar en la adhesión
- Proceso de diseño de software
- Anticuerpos
- Rediseño del procesamiento de muestras: permitir la redirección de muestras en función de problemas comunes
- Rediseño de las colas de prueba: adaptando la priorización y las pruebas secuenciales y repetidas
- Especificaciones del proyecto y sistemas de flujo de trabajo de laboratorio anteriores
Este manuscrito está diseñado para ayudar a guiar a los biólogos hacia estrategias de gestión de proyectos, datos y recursos que faciliten y aceleren el análisis de datos reproducibles en su investigación. Presentamos estas estrategias en el contexto de nuestras propias experiencias trabajando con datos de secuenciación de alto rendimiento, pero muchas son ampliamente aplicables a los biólogos que trabajan más allá de este campo. Sunquest ofrece informática de laboratorio integral, incluidos sistemas de gestión de información de laboratorio (LIS / LIMS) y soluciones de análisis de laboratorio para patología clínica, patología anatómica y patología molecular, incluida la secuenciación de próxima generación para medicina de precisión. Esta aplicación basada en Web fácil de integrar proporciona un control total y transparente sobre las operaciones en laboratorios de uno o varios sitios. Los módulos escalables están diseñados para administrar procesos de laboratorio complejos, lo que permite pruebas de muestras eficientes y un flujo transparente de datos de resultados. El primer y único sistema preanalítico capaz de preparar automáticamente una gran variedad y alto volumen de muestras moleculares, lo que permite flujos de trabajo de laboratorio más optimizados y eficientes.
La mayor parte de la instrumentación no se puede interconectar con los sistemas de gestión del laboratorio, lo que impide la implementación de un proceso de automatización completo. Los métodos de ingeniería de gestión se han aplicado con éxito a los dominios de la salud, como los laboratorios de química clínica o las unidades / departamentos clínicos, utilizando modelos de diseño de procesos para impactar en esos contextos. Hasta ahora, estos enfoques no se han aplicado sistemáticamente a los laboratorios de genética molecular o genómica clínica. Por tanto, es necesario comprender las peculiaridades de los laboratorios de genética molecular y el tipo de herramientas y buenas prácticas que podrían aplicarse para mejorar este entorno. Examinamos la carga de trabajo de tiempo relacionada con las técnicas de laboratorio que se utilizan habitualmente para las pruebas moleculares, incluida la secuenciación de próxima generación. El propósito era proporcionar estimaciones de tiempo de procedimientos de laboratorio húmedo en laboratorios moleculares italianos que ofrecen diagnóstico genético. A continuación mostramos los resultados, la interpretación y las consideraciones derivadas de esta encuesta, destacando la importancia, especificidad y peculiaridad de la actividad de laboratorio molecular orientada al diagnóstico y subyaciendo cómo mejorar la productividad de las pruebas genéticas, en línea con los requisitos actuales de salud pública.
Rediseño del proceso de inicio de sesión de muestra: implementación de herramientas de detección para ayudar en la adhesión
Una vez generados, siempre es una buena idea tener múltiples copias de seguridad independientes de los datos de secuenciación sin procesar, ya que normalmente no se pueden regenerar fácilmente si se pierden por fallas de la computadora u otros eventos imprevisibles. Algunas de las herramientas mencionadas anteriormente cambiarán inevitablemente con el tiempo, pero estos principios se aplican ampliamente y lo ayudarán a diseñar análisis claros, bien documentados y reproducibles. En camasconpalets.com última instancia, deberá experimentar con estrategias que funcionen para usted; lo más importante es desarrollar un conjunto claro de estrategias e implementarlas con tenacidad. A continuación, proporcionamos algunas estrategias prácticas para probar a medida que comienza a desarrollar sus propios flujos de trabajo. , presentamos una serie de estrategias y prácticas para adoptar sistemas de flujo de trabajo para optimizar la investigación en biología con uso intensivo de datos.
En el caso de datos de secuenciación de alto costo, existe una variedad de decisiones sobre el diseño experimental y la secuenciación que afectan su capacidad para abordar adecuadamente su pregunta de investigación. Llevar a cabo discusiones con bioinformáticos y estadísticos experimentados, antes de comenzar sus experimentos si es posible, es la mejor manera de asegurarse de que tendrá suficiente poder estadístico horoscoposdiarios.club para detectar efectos. Para ayudar en la planificación temprana del proyecto, hemos seleccionado una serie de referencias específicas de dominio que pueden ser útiles a medida que diseña su experimento. Dados los recursos invertidos en la recolección de muestras para la secuenciación, es importante construir un búfer para preservar su diseño experimental ante problemas inesperados de laboratorio o técnicos.
Proceso de diseño de software
Como Directora Senior de Operaciones Clínicas, se enfoca en la excelencia operativa continua y la innovación del laboratorio clínico de Ambry, incluido el avance de los tiempos de respuesta y la calidad de las pruebas. Mexal completó su investigación postdoctoral en el Instituto de Genética del Comportamiento de la Universidad de Colorado en Boulder. Durante más de una década, antes de unirse a Ambry Genetics, el Dr. Mexal estuvo activo en la investigación neurogenética y la detección de compuestos farmacéuticos en laboratorios industriales y académicos. El aumento de la sensibilidad, la detección simultánea de agentes bacterianos, virales y parasitarios y la reducción de la TAT fueron el ímpetu para el uso de pruebas moleculares múltiples en enfermedades gastrointestinales. El flujo de trabajo para las pruebas de Trichomonas vaginalis, por ejemplo, se simplificó gracias a la capacidad de utilizar muestras vaginales que no están restringidas a la recolección por parte del médico. Al combinar la detección de patógenos y los marcadores de resistencia en un solo procedimiento automatizado a partir de muestras nativas, el microlaboratorio ha podido evitar el paso de cultivo inicial y poner en práctica un flujo de trabajo de prueba de antibióticos más eficiente. La implementación de métodos moleculares en el flujo de trabajo de microbiología también requiere una evaluación exhaustiva de los beneficios frente a los costos asociados.
Logre una integración perfecta y una automatización total del flujo de trabajo de las pruebas moleculares con las soluciones preanalíticas y posanalíticas de Roche. Estas soluciones independientes e integradas reducen los pasos manuales y el manejo de errores, liberando al personal para que se concentre en tareas de mayor valor al tiempo que mejoran la seguridad y la calidad del proceso. Roche ofrece automatización de extremo a extremo con pistas de conexión física seguras y un software confiable que se vincula al sistema de información del laboratorio. Esto muestra, por un lado, que a pesar de que NGS está ganando espacios cada vez más amplios en el diagnóstico molecular, la secuenciación de Sanger sigue siendo una tecnología software almacen clave en las pruebas moleculares. De hecho, algunas afecciones clínicamente bien definidas aún requieren el análisis dirigido de una porción muy limitada de la secuencia de ADN (es decir, hemoglobinopatías / talasemias o caracterización de la pérdida auditiva relacionada con la conexina-26). Es de destacar que casi todas las guías para la NGS clínica todavía requieren la validación de Sanger de variantes patológicas. Sin embargo, con el fin de mejorar globalmente la automatización y la gestión de los laboratorios, las empresas de tecnología deben realizar más esfuerzos para adaptar los equipos de genética / genómica molecular a los estándares de ingeniería de gestión que sean apropiados para otros tipos de laboratorios.