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Primero, los flujos de trabajo se vuelven mínimamente auto-documentados, ya que el gráfico dirigido producido por los sistemas de flujo de trabajo se puede exportar y visualizar, produciendo una representación gráfica de las relaciones entre todos los pasos de una canalización. A continuación, es más probable que los flujos de trabajo estén completamente cerrados sin pasos indocumentados que se ejecuten a mano, lo que significa que es más probable que los análisis sean reproducibles. Finalmente, cada paso se convierte en una unidad autónoma que se puede usar y reutilizar en múltiples flujos de trabajo de análisis, por lo que los científicos pueden dedicar menos tiempo a implementar pasos estándar y más tiempo a sus preguntas de investigación específicas. En resumen, el andamiaje interno proporcionado por los sistemas de flujo de trabajo ayuda a construir análisis que generalmente están mejor documentados, son repetibles, transferibles y escalables. ► Los asistentes también aprendieron cómo analizar datos reales obtenidos de tecnologías MPS a través de aplicaciones de software de proveedores y terceros. Los instructores dirigieron una discusión informativa y atractiva sobre los procesos bioinformáticos del análisis de datos de secuencia (FASTA, FASTQ, puntuación de calidad PHRED, etc.), y los asistentes estuvieron expuestos a varias aplicaciones de software, incluido el paquete de software de análisis universal Illumina, STRait RAZOR y HIrisPlex.
Para los sistemas de flujo de trabajo, esta estrategia se puede implementar etiquetando los archivos de salida con un identificador descriptivo para cada paso del análisis, ya sea en el nombre del archivo o colocando los archivos de salida dentro de una carpeta de salida descriptiva. Para flujos de trabajo grandes, colocar los resultados de cada paso de su análisis en carpetas descriptivas aisladas puede ser esencial para mantener el espacio de trabajo de su proyecto limpio y organizado. Integración de la gestión de software dentro de los flujos de trabajo Los sistemas de flujo de trabajo proporcionan una integración perfecta con una serie de herramientas de gestión de software. Cada sistema de flujo de trabajo mesoterapiaymas.com requiere una especificación diferente para el inicio de la administración de software, pero generalmente requiere aproximadamente una línea adicional de código por paso que requiere el uso de software. Si la herramienta de administración de software está instalada localmente, el flujo de trabajo descargará e instalará automáticamente el entorno o contenedor especificado y lo usará para el paso especificado. Para dirigir correctamente un análisis, los sistemas de flujo de trabajo deben codificar información sobre las relaciones entre cada paso del flujo de trabajo. En la práctica, esto significa que cada paso del análisis debe especificar la entrada necesaria para ese paso y el resultado que se produce.
Rediseño de las colas de prueba: adaptando la priorización y las pruebas secuenciales y repetidas
Los participantes aprendieron cómo MPS puede proporcionar información adicional sobre el ADN mitocondrial en una muestra de interés más allá de lo que puede proporcionar la secuenciación de Sanger. Además, el usuario final aprendió cómo se pueden explotar otros marcadores forenses de interés para proporcionar información adicional que no es posible con los marcadores genéticos forenses actuales. Los asistentes tuvieron la oportunidad de emplear virtualmente protocolos de laboratorio, así como de analizar loci genéticos de relevancia forense a través de aplicaciones de software de terceros y disponibles comercialmente. La naturaleza escalable y modular de la estación de trabajo integrada explorer ™ G3 para pruebas de SARS-CoV-2 asegura que a medida que cambian sus necesidades, sus soluciones de automatización cambian con usted.
El kit chemagic ™ Viral DNA / RNA 300 H96 permite el aislamiento automatizado de alto rendimiento de varias muestras asociadas al SARS-CoV-2, como hisopos nasales u orofaríngeos, saliva, BAL, esputo, suero o plasma. Equipado con un juego de cabezal de varilla chemagic ™ 96, el instrumento chemagic ™ 360 procesa 96 oracionalavirgende-guadalupe.com muestras a la vez en tan solo 31 minutos con un protocolo corto optimizado. Con un rendimiento comparable, el DxN VERIS permitió una entrega de resultados mucho más rápida, y todos los resultados se informaron dentro de las 8 horas posteriores a la recepción, en comparación con varios días con el método existente.
Modelado de flujo de trabajo complejo en diagnóstico molecular
Si la herramienta de análisis se ejecutará en su sistema local, pruebe el paso con datos submuestreados, como el creado en la sección Comenzar a desarrollar flujos de trabajo. Una vez en funcionamiento, el nuevo componente de flujo de trabajo se puede ejecutar a escala en un sistema informático más grande. Los informes de uso de recursos de la herramienta del sistema de flujo de trabajo pueden ayudar a determinar el aumento de recursos necesarios para ejecutar el flujo de trabajo en sistemas más grandes. Para los investigadores que no tienen acceso a recursos informáticos gratuitos o concedidos, esta estrategia puede ahorrarles software almacen costos significativos. Desarrolle su flujo de trabajo A partir de su código de trabajo, modifique iterativamente y agregue pasos de flujo de trabajo para satisfacer sus necesidades de análisis de datos. Limpie periódicamente su directorio de salida y vuelva a ejecutar todo el flujo de trabajo para asegurarse de que todos los pasos sean completamente interoperables (¡el uso de datos de prueba pequeños mejorará la eficiencia de este paso!). Si es posible, el uso de conjuntos de datos simulados o de control puede ayudarlo a verificar que el análisis que está construyendo realmente arroje resultados biológicos correctos.
- La calidad de sus datos de entrada tiene un gran impacto en la calidad de los resultados de salida, sin importar si su flujo de trabajo analiza seis muestras o seiscientas.
- El uso de herramientas de control de calidad que brindan métricas y visualizaciones puede ayudarlo a evaluar sus conjuntos de datos, particularmente a medida que aumenta el tamaño de sus datos de entrada.
- La evaluación de los datos en cada paso del análisis puede revelar problemas y errores de manera temprana, antes de que desperdicien tiempo y recursos valiosos.
- La estandarización de la fase posanalítica, incluido el informe de los resultados, también mejora el flujo de trabajo eficiente.
Con una instalación perfecta y expertos disponibles para respaldar el flujo de trabajo completo de SARS-CoV-2, PerkinElmer elimina muchos de los desafíos asociados con las pruebas de SARS-CoV-2. Una vez que la pandemia de coronavirus cede, sus estaciones de trabajo explorer ™ G3 se pueden utilizar para automatizar otros procesos de laboratorio. Después de la manipulación de la muestra primaria, la extracción de ácido nucleico se puede realizar con el instrumento chemagic ™ 360.
Rediseño del procesamiento de muestras: permitir la redirección de muestras en función de problemas comunes
Los elementos de datos de la solicitud de prueba en papel capturados en el momento de la obtención de la muestra incluyen el médico que realiza la solicitud, el número de registro médico, la identificación de la muestra registrada en el LIS, el tipo de muestra y la prueba solicitada. Los elementos de datos producidos por el personal que ingresa incluyen el recuento de células de muestra y el estado de la muestra. El estado inicial de cualquier prueba (es decir, “activo”, “pantalla”, “en espera” o “cancelar”) lo determina el personal que ingresa en función del tipo, la calidad o cantidad de la muestra, los resultados de las pruebas anteriores y el pedido interno del laboratorio reglas / protocolos. Desarrolle en una computadora local cuando sea posible Dado que los flujos de trabajo se transfieren fácilmente entre sistemas, puede ser útil desarrollar pasos de análisis individuales en una computadora portátil local.
Los tutoriales y la documentación de herramientas son útiles compañeros durante el desarrollo; Al igual que con cualquier idioma, recordar la sintaxis específica del flujo de trabajo requiere tiempo y práctica. A medida que su proyecto se desarrolla, el control de versiones le permite realizar un seguimiento de los cambios a lo largo del tiempo. Es posible que ya lo haga de alguna manera, tal vez con frecuentes copias de seguridad del disco duro o guardando manualmente diferentes versiones del mismo archivo, p. Para los flujos de trabajo computacionales, el uso de sistemas de control de versiones como Git o Mercurial se puede utilizar para realizar un seguimiento de todos los cambios a lo largo del tiempo, incluso en varios sistemas, lenguajes de scripting y colaboradores del proyecto. Si una pieza clave de un flujo de trabajo deja de funcionar inexplicablemente, el control de versiones coherente puede permitirle retroceder en el tiempo e identificar las diferencias entre el momento en que la tubería funcionó y el momento en que dejó de funcionar. Hacer una copia de seguridad de su análisis controlado por versiones en un repositorio en línea como GitHub, GitLab o Bitbucket proporciona un seguro crítico a medida que modifica y desarrolla iterativamente su flujo de trabajo. El uso de identificadores coherentes y descriptivos para sus archivos, scripts, variables, flujos de trabajo, proyectos e incluso manuscritos ayuda a mantener sus proyectos organizados e interpretables para usted y sus colaboradores.